面對各界指責政府在這次莫拉克風災救災不力，馬英九總統18日在記者會中表示，等救災告一段落，他會對行政團隊做出檢討跟調查，有疏失的官員要負起行政責任，甚至政治責任。目前他跟行政院長劉兆玄已經有共識，最晚在9月初會向各界說明。

各界都將這次救災速度過慢以及指揮調度混亂的矛頭指向政府，馬總統表示，隨著救災工作告一段落，他會開始進行檢討，看整個過程中哪些地方不符民眾期待，為何民眾會感到救災過程亂而且慢，這需要給全國人民交代。

總統表示，行政團隊會進行徹底檢討，進行究責或是首長異動，時間點不會晚過9月初。總統：『(原音)行政團隊要進行徹底調查，如果調查過程中發現政府官員有疏失，就要負起行政甚至政治責任。這點我跟劉院長有共識，會在救災與安置工作告一段落後向外說明，時間不會晚過9月初。』

總統表示，救難人員還在進行救災跟重建，如果現在就進行究責，會影響士氣。在說到救難人員的辛勞時，總統還一度哽咽，希望各界能給救難人員鼓勵跟肯定。

另外，對於CNN民調顯示，高達8成的民眾認為總統應下台負責，馬總統則表示，他了解現在民眾對政府有很多不滿，他也知道政府有許多要檢討改進的地方；不過往後重建跟安置的路還很長，他身為總統，現在不能逃避責任，應該繼續完成任務。他希望等到那時候，讓民眾知道他可以做得好，到時候大家可以再來評價。